在电影《牧马人》中，方超饰演了名为清清的角色。时间回溯至1979年，当时年仅二岁九个月的方超便有幸参演了由著名导演谢晋执导的影片《啊！摇篮》，这部电影因其出色的艺术成就，荣获了当年文化部颁发的优秀影片奖。到了1981年，他再次出现在大银幕上，在刘斌导演的电影《苦果》中扮演了幼年时期的林尧。1982年，方超与谢晋导演再度合作，在电影《牧马人》中饰演了主角许灵均的儿子清清，该片不仅获得了文化部优秀影片奖，还摘得了第6届大众电影百花奖最佳故事片的桂冠；同一年，他还出演了电影《泉水叮咚》，在片中扮演小冰冰一角，并凭借这一角色赢得了上海电影制片厂第2届小百花奖的儿童演员特别奖，以及葡萄牙第5届托马尔青少年国际电影节的小演员表演奖。1983年，方超与女演员龚雪合作，在电影《大桥下面》中饰演了知青秦楠的私生子，展现了其细腻的表演。1985年，他被导演于洋选中，与资深演员斯琴高娃共同出演了电影《驼峰上的爱》；也在这一年，他首次担纲主演了电视剧《小龟的故事》。1988年，方超在一部儿童题材影片《我只流三次泪》中饰演了主人公马悦，其真挚的表演使他获得了1988年度百花奖最佳男主角的提名，并成功斩获第3届儿童少年电影童牛奖优秀儿童演员奖；同年，他还主演了中日合拍的电影《熊猫的故事》，在片中饰演了角色龙龙。在作品《大桥下面》中，他则饰演了秦楠的儿子。 进入1990年代，方超的演艺事业继续稳步发展。1991年，他在一部剧情电影《清凉寺钟声》中饰演了少年狗娃。1995年，他主演了电影《世纪桥下》，在片中扮演了一名中学生乔林。1999年，方超出演了香港电视剧《少年英雄方世玉》，饰演了一个鬼怪精灵、调皮捣蛋的书童方贤，给观众留下了深刻印象。2000年，他在电视剧《乱世桃花》中饰演的咸菜一角，再次吸引了观众的广泛关注；同年，他还与中国台湾演员范鸿轩合作，共同出演了电视剧《情锁北京》。2002年，方超出演了电视剧《皇宫宝贝》，在剧中扮演了配角太监小寇子。2004年，他在古装武侠剧《七武士》中饰演了毛高；也在这一年，他与邵峰等演员合作，共同出演了电视剧《天剑群侠》。2006年，方超在古装剧《天下第一媒婆》中挑战了明熹宗朱由校这一历史角色。2007年，他的工作范畴有所拓展，开始担任电视剧《户口》的制片人。2011年，他进一步担任了电视剧《长大成人》的执行制片人；同年，他还参演了中国第一部环保题材的儿童电视剧《星际精灵蓝多多》。2013年，方超参演了儿童科幻剧《外星小子哆布哆》。2016年，他在电视剧《39度青春》的制作中担任了执行导演一职。2021年9月，由方超主演的玄幻题材电影《西游魔童红孩儿》在网络平台上线播出。2022年，他担任了科幻电影《末路战士》的制片人工作。2023年，方超主演的甜宠剧《我迷人的反派皇帝》正式与观众见面。而在作品《西游魔童红孩儿》中，他饰演了一个励志的犬妖角色哈哈。
在高中求学期间，方超曾有长达两年半的时间未曾参与任何影视拍摄工作。当他先后报考上海戏剧学院与北京电影学院时，却因身高未达到相关标准而连续两次遗憾落选。此后，他一度在餐厅从事服务工作，正是在这段日子里，他偶然结识了演员邵峰。这次相遇对他产生了重要影响，促使他重新燃起对表演事业的热情，并下定决心再次回归影视行业。到了1997年，方超毅然离开位于西安的父母家，独自前往北京寻求职业发展。经过一段时间的努力，他最终与奇登影艺经纪有限公司达成合作，正式签署了演艺合约，从而开启了其职业生涯的新阶段。
一九九九年九月，方超专程前往上海参加了一场具有特殊意义的会议，该会议的主题旨在表彰那些在整个二十世纪里为中国电影事业作出卓越贡献的杰出影星。这次活动不仅是对过往辉煌的回顾，也体现了业界对电影人历史功绩的尊重与肯定。时隔数年，到了二零零六年，方超再次以公众人物的身份参与媒体活动，应邀担任了旅游卫视《安全俱乐部》节目第四期的安全形象大使，借助自身的影响力向社会公众积极传递安全出行的理念与重要性。
在电影《西游魔童红孩儿》中，方超所饰演的哈哈这一角色展现出了极高的完成度，他不仅生动刻画出了狗狗身上那种与生俱来的忠诚与可靠特质，同时也保留了许多哈士奇品种所特有的憨厚与蠢萌气质，从而塑造出一个既单纯善良又值得全心信赖的伙伴形象；而在电影《驼峰上的爱》里，他的表演则显得格外自然松弛，在镜头前收放自如，表现十分突出。到了电影《我只流三次泪》中，方超更是将角色的喜怒哀乐都演绎得真挚而深刻，所有情感均发自内心，表演既充满丰沛的感情，又毫无夸张过火之嫌。他本身是一个非常灵巧且聪慧的孩子，心地纯真，模样也特别可爱，在表演上仿佛具有天生的领悟力，几乎不需要过多指导，便能迅速而准确地理解导演的创作意图与现场要求。（北青网、《在大海里航行 于洋传》《长短集：河南优秀影评精选》、女导演 鲍芝芳 综合评价）