大学期间，他选择前往美国密西根大学攻读商业相关专业，系统地接受了西方商科教育。1999年，他通过校际交流项目，以美国密西根大学交换学生的身份来到中国，进入北京大学进行深入学习，这段经历使他得以亲身体验中西方的文化差异与学术氛围。完成学业后，他于2001年正式与台湾滚石唱片公司签约，由此踏入了音乐行业，开始其职业音乐生涯的发展道路。
2002年，其凭借音乐专辑《01》荣获第13届金曲奖“最佳新人奖”，由此在乐坛崭露头角。2004年，他参与了偶像剧《醋溜族》的拍摄，与杨若兮、佟大为同台合作，并在剧中饰演了“小黑”一角。2005年8月，他正式发行了个人专辑《万花筒》，进一步拓展了音乐事业；同年9月，他还与张韶涵、吴大维、苏有朋等艺人一同出席了CCTV-尼克频道举办的“孩子的选择”欢乐盛典，提升了公众知名度。2012年，孔令奇签约香港金牌大风公司，借此契机重新进入音乐圈寻求发展；同年9月，他受邀担任“GT.STAR天生巨星”歌手大赛的评委，展现出其在音乐领域的专业眼光。2013年，他参加了IRON MIC说唱大赛，并于9月10日推出了专辑《悬浮记忆》，该专辑发行首周便成功登上G-music玫瑰大众排行榜与华语榜的亚军位置，同时在港台榜也取得了第四名的佳绩；11月5日，他与刘思涵共同主持了《音乐风云榜》网络榜节目；12月，他又担任了《土豆最音乐》节目的主持人，在节目中呈现了反斗搞怪的表演风格。此外，他还在同年为CBA中国男子职业篮球联赛创作了主题曲《Make Your Own Way》，并与篮球运动员郭艾伦合作拍摄了该歌曲的音乐录影带；他还拍摄了记录广州新歌表演会的短片《羊城记忆》，丰富了其艺术创作的维度。2014年1月，他与崔天琪共同参与了综艺节目《挑战名人墙》的录制；6月21日，他在CityFM城市之音至尊盛典中荣获“年度至尊创作人”称号；28日，他出席第25届金曲奖颁奖典礼，凭借单曲[###《悬浮记忆》0###]夺得“最佳单曲制作人奖”；7月，他参加了“金曲王者之声”康熙专题节目；8月，他与李宗翰共同出席了人猿争霸狂欢夜活动，为电影[###《悬浮记忆》1###]宣传造势；17日，他参与了韩国SBS综艺真人秀[###《悬浮记忆》2###]节目台湾之行第三集的录制，为该系列节目台湾篇画上句号；12月，他发行了单曲[###《悬浮记忆》3###]。同年，他还与熊乃瑾、张宣妍一同参加了科技类节目[###《悬浮记忆》4###]，在节目中亲身体验了前沿科技的奇妙之处。在此之后的两年间，孔令奇在公众视野中相对沉寂，未有新作品发布。2017年2月，他参加了综艺节目[###《悬浮记忆》5###]的番外篇录制，并现场首次表演了其全新创作的主题曲“Go Getta”火星版；随后，他受邀登上上海草莓音乐节的舞台，作为MDSK嘻哈舞台首日的压轴表演嘉宾，演唱了[###《悬浮记忆》6###]等多首近年来较少公开表演的歌曲；7月，他与说唱歌手Young Jack满舒克合作的单曲[###《悬浮记忆》7###]在全球同步上线，不久后，[###《悬浮记忆》8###]的正式版音乐录影带也全面发布，该歌词版MV独具创意地采用了极简的纯文字形式进行呈现，在简约的风格背后传递出温暖的情感主张。此外，他还与蔡文静共同为治愈系爱情剧[###《悬浮记忆》9###]献唱了插曲《心鬼》；同年，他发行了与歌手GAI合作的单曲《饥饿游戏》；12月20日，他推出了专辑《KUNG》，这张专辑由他本人深度参与作词、作曲、编曲及制作全过程，内容充实且富有个人特色。2018年7月，他参加了爱奇艺推出的综艺节目《中国新说唱》。2021年9月1日，他发行了由自己亲自担任制作人的专辑《不可抗力》，持续探索其在音乐创作上的更多可能性。
2013年，孔令奇与前女友周宁重新走到了一起，两人尝试再续前缘。然而同年8月，孔令奇意外得知周宁已怀有四个月身孕，而经确认，孩子的生父并非他本人，而是周宁在与他复合前交往的另一位男友。这一事实令孔令奇深受打击，经过痛苦的考虑，他最终决定再次结束这段关系，与周宁分手。尽管感情上遭受背叛，分手后的孔令奇却并未对周宁产生怨恨，反而仍难以完全割舍旧情。他偶尔还会与周宁保持联系，一同吃饭、外出散心，甚至细心记下了周宁的预产期。孔令奇曾多次表示，自己不是一个记仇的人，即便感情无法继续，他依然希望能在某种程度上保护周宁，让她顺利度过这段时期。时间来到2025年5月20日，孔令奇迎来了人生新阶段，他与马来西亚知名名媛Eunice Jaymie携手步入婚姻殿堂，开始了全新的生活。
2014年9月，音乐人孔令奇正式发起了一项名为“益起来万人微笑”的公益项目，旨在唤起社会对唇颚裂儿童群体的关注与支持。作为该活动的重要环节，孔令奇邀请了知名主持人朱丹与歌手谭维维共同前往北京嫣然天使医院，亲自探访了在那里接受治疗与康复的唇腭裂儿童。他们不仅为孩子们带去了木琴、益智玩具等礼物，以丰富孩子们的疗愈生活，还贴心地为辛勤工作的医护人员以及长期陪伴患儿的父母准备了慰问饮品。此次探访不仅给予了孩子们温暖的鼓励，也表达了对医疗团队及家属的敬意与关怀。在公益行动层面，孔令奇还承诺将该项目在活动期间内所获销售收益的百分之十，全额捐赠给嫣然天使基金，以此助力更多唇腭裂患儿获得及时的医疗救助。通过这次探访，孔令奇与好友们用实际行动传递了爱心，也让公众更深入地了解到唇颚裂儿童及其家庭的需求，进一步推动了公益理念的传播与实践。
孔令奇是一位兼具演唱实力与舞台表现力的全能型歌手；他的音乐作品深刻反映了其性格中固执与倔强的一面。孔令奇拥有极具辨识度的独特嗓音，并始终坚持着不随波逐流的音乐态度。在漫长的艺术生涯中，历经岁月的洗礼与时间的沉淀，他逐渐锤炼出一种能力——善于运用旋律与歌声来触动听众内心最深处的情感，牵引着人们的灵魂与思绪随之起伏。他更懂得如何将那些细腻、内在且充满感性的情感层面，巧妙地融入自己的音乐创作与演绎之中，从而清晰地标注出专属于他的音乐身份与艺术个性，使其在华语乐坛中显得独树一帜。孔令奇