孙慧舟出生于韩国首尔特别市的冠岳区，其童年及青少年时期主要在京畿道度过。她家中有一位姐姐，出生于1997年。在学业方面，孙慧舟曾就读于诚信女子高中，但后续选择了退学，并通过参加国家举办的高中毕业学历鉴定考试，成功取得了相应学历资格。2022年3月1日，其所属经纪公司Blockberry Creative对外发布消息，确认孙慧舟于当年2月27日接受新冠病毒PCR检测后，结果呈阳性，被正式确诊感染新冠。此后，在2023年1月23日，孙慧舟再次因个人健康状况不得不中途退出正在参与的节目《GIRL'S RE:VERSE》。以上信息可参考相关图片及文献资料。
2022年11月28日，她正式向法院提起了旨在终止与所属经纪公司BlockBerry Creative之间专属合约效力的假处分申请。随后在2023年1月13日，该诉讼的一审结果出炉，她未能获得胜诉；法院在审理中指出，尽管她在过去一至两年间曾与公司协商变更了部分合同条款，但这些被修改的条款内容并未达到法律上认定的显著不合理程度，因此不足以支持其单方面解除合约的请求。不过事件在同年6月16日迎来转折，首尔高等法院民事5部对此案进行了上诉审理，并作出了推翻原判的裁决，判决她在针对BlockBerry Creative提出的专属合约效力停止假处分申请中胜诉。此项判决意味着她自该日起得以从原合约的约束中解脱，恢复其个人演艺活动的自由。