2009年4月11日，在2009赛季中超联赛第15轮的一场较量中，大连实德以2比0击败深圳市足球俱乐部，杨博宇于比赛第89分钟替换杨林上阵，由此完成了他在中超联赛的首次亮相。整个2009赛季，杨博宇共代表大连实德出场3次，累计登场时间平均每场达到30.3分钟，在此期间他未能取得进球或助攻。进入2010赛季，在3月28日首轮大连实德与陕西宝荣浐灞足球俱乐部（即后来的北京人和足球俱乐部）1比1战平的比赛中，杨博宇首次获得首发机会并打满全场90分钟，这标志着他个人在新赛季的第一次首发登场。2010赛季中，他共计出场18次，场均比赛时间大幅提升至87.2分钟，但依然没有进球或助攻入账。在大连实德效力期间，2011年7月6日中超第15轮，大连实德1比1与浙江绿城足球俱乐部握手言和，杨博宇在开场仅第3分钟便攻入一球，这粒进球也成为他个人在中超联赛的首个进球。2011赛季，他代表球队出场12次，场均登场82.8分钟，贡献了1粒进球。2012年3月10日，新赛季中超首轮大连实德1比2不敌长春亚泰，杨博宇再次首发出战并踢满90分钟，完成了2012赛季的首次首发。紧接着在3月18日第2轮大连实德与大连哈尔滨3比3战平的激烈对决中，杨博宇于第84分钟打入关键扳平球，收获了个人当赛季的首个进球。整个2012赛季，他共出场19次，场均登场69.1分钟，攻入1球。2013年5月21日，在中国足协杯第三轮大连阿尔滨2比0战胜天津松江足球俱乐部（后称天津天海足球俱乐部）的比赛中，杨博宇首发出场并再度打满全场，完成了个人在足协杯赛事的首次亮相。2013赛季，他代表大连阿尔滨出场14次，场均时间达到86.3分钟，未有进球或助攻。2014年3月8日，中超首轮大连哈尔滨与浙江绿城足球俱乐部1比1战平，杨博宇获得首发机会，完成2014赛季的首次首发。该赛季他代表大连阿尔滨出场5次，场均登场56.4分钟，仍未取得进球或助攻。2015年2月27日，中超转会窗口关闭前夕，上海上港通过官方社交媒体正式宣布杨博宇加盟球队。同年4月5日中超第4轮，上海上港0比0战平天津泰达足球俱乐部，杨博宇在第89分钟替补武磊出场，完成了在上海上港的首秀。9月19日第26轮，上海上港3比1战胜贵州人和足球俱乐部（北京人和足球俱乐部），杨博宇在第81分钟攻入一球，打响了个人在上港的进球账户。2015赛季，他代表上海上港出场12次，场均登场73.4分钟，贡献1粒进球。在上海上港时期，2016年5月3日亚冠联赛小组赛G组末轮，上海上港0比3不敌水原三星蓝翼足球俱乐部，杨博宇首发并打满90分钟，完成了个人在亚冠赛场的首次亮相。2016赛季他在上港仅出场1次，登场90分钟，没有进球或助攻。同年7月1日，上海上港官方宣布杨博宇租借至长春亚泰，租借期至赛季结束。7月17日中超第17轮，长春亚泰1比2负于广州恒大淘宝足球俱乐部，杨博宇获得首发并再度踢满全场，完成了在长春亚泰的首秀。10月26日中超第29轮，长春亚泰2比1战胜河南建业足球俱乐部，杨博宇在第63分钟攻入制胜球，收获了个人在亚泰的首粒进球。2016赛季租借期间，他代表长春亚泰出场9次，场均登场88.7分钟，打入1球。2017年2月13日，杨博宇正式转会加盟江苏苏宁。3月1日亚冠小组赛第二轮，江苏苏宁2比1战胜阿德莱德联足球俱乐部，韩鹏飞获得首发登场，而杨博宇也在此阶段逐步融入球队。9月17日中超第25轮江苏苏宁2比2战平广州恒大淘宝，杨博宇在第33分钟攻入一球，完成了个人2017赛季的首个进球。整个2017赛季，他代表江苏苏宁出场23次，场均登场72.2分钟，贡献1粒进球。在江苏苏宁时期，2018年4月25日足协杯第四轮，江苏苏宁1比0战胜四川隆发足球俱乐部，杨博宇首发出场，完成了个人2018赛季的首次登场。该赛季他共出场11次，场均时间66.4分钟，未有进球或助攻。2019年3月3日中超首轮江苏苏宁3比2战胜天津泰达，杨博宇在第95分钟替补吉翔出场，完成了赛季首次替补登场；5月2日足协杯第四轮江苏苏宁4比0战胜河北精英足球俱乐部，他首发并打满90分钟，完成了赛季首次首发。2019赛季，杨博宇代表球队出场17次，场均登场71.9分钟，依然没有进球或助攻。2020年11月12日，杨博宇随江苏苏宁夺得2020赛季中超联赛冠军。2021年2月27日，经双方友好协商，杨博宇正式加盟武汉足球俱乐部，当赛季为武汉队出场17次，并打进1球。2022年4月29日，武汉长江队后卫杨博宇转会加盟深圳队。同年5月，深圳队公布2022赛季一线队名单，杨博宇身披27号球衣。11月3日中超第23轮，杨博宇破门得分，帮助深圳队2比0战胜浙江队。2023年5月19日中超第8轮，杨博宇头球破门扳平比分，最终深圳队客场1比1战平南通支云。2024年1月22日，深圳市足球俱乐部发布声明，因未能通过中国足协公布的债务清欠俱乐部审核，球队无法获得2024赛季职业联赛准入资格，从而告别中国足球职业联赛。2024年2月24日，中超新军青岛西海岸官方宣布新援加盟，杨博宇正式成为球队一员。
二零一零年十月二十六日，广州亚运会中国男子足球队的参赛名单正式对外公布，来自大连实德的年轻后卫杨博宇凭借其在该赛季联赛中的稳定表现，成功入选了这份备受瞩目的名单。同年十一月八日，广州亚运会足球赛事正式拉开帷幕，在A组首轮的一场焦点对决中，中国国奥队于广州天河体育场迎战劲敌日本队。在这场关键的比赛中，主教练孙卫给予了杨博宇充分的信任，将其安排进首发阵容并司职中后卫。杨博宇在比赛中展现了出色的防守意识和身体对抗能力，全程保持高度专注，最终打满了九十分钟的比赛，为中国队防线提供了坚实的保障。
当球队遭遇大范围伤病潮侵袭时，主教练内洛·文加达对杨博宇给予了充分的信任与倚重。杨博宇在右路防守中扮演了至关重要的“万金油”角色，凭借其出色的适应能力与战术执行力，有效地稳固了球队的防线。他拥有极为出众的身体素质，无论是力量、速度还是对抗能力，都完全足以支撑他在高水平比赛中持续发挥关键作用。然而，在实战处理球的环节中，杨博宇仍时常显露出一些过往形成的习惯性动作与决策模式。教练组多次强调，在球场攻防转换过程中，他不能总是倾向于回撤收缩，而需要更果断地向前顶压、积极参与前场逼抢与进攻衔接，从而在整体战术体系中发挥更全面、更主动的作用。
二零一五年十月二十日，中国足球协会通过其官方网站正式发布了对球员杨博宇的纪律处罚决定。该决定指出，在中超预备队联赛山东鲁能与上海上港的一场较量中，杨博宇因对裁判员的现场判罚表示不满，进而出现了指责并辱骂裁判员的不当行为，这一举动对比赛秩序造成了不良影响。依据相关规定，中国足协最终对其作出如下处罚：禁止其参加预备队联赛三场，同时禁止参加由中国足协组织的正式比赛一场，并处以人民币两万元的罚款。时隔近两年，在二零一七年五月十三日，中国足协再次集中公布了一批纪律罚单，其中杨博宇的名字赫然在列。此次处罚源于他在江苏苏宁对阵延边富德的比赛中，于无球状态下故意踩踏对方球员膝盖的危险动作，该行为违背了体育道德，产生了负面影响。针对这一违规行为，中国足协决定对其处以禁赛四场以及罚款人民币两万元的追加处罚。