自幼便对文学艺术怀有浓厚的兴趣，在上海行知中学求学期间，逐渐对电影与戏剧艺术产生了强烈的热爱。1960年高中毕业后，他顺利考入上海电影专科学校导演系进行系统学习，并于1963年毕业，随后被分配至海燕电影制片厂担任场记工作，由此正式开启了电影生涯。早在1964年，于本正就参与了天马电影制片厂《年轻的一代》的拍摄实践，积累了宝贵的现场经验，此后他长期在上海电影制片厂工作，不断磨练自己的专业能力。1975年，他正式晋升为导演，并在1976年有幸与资深导演汤晓丹合作执导《难忘的战斗》，在汤晓丹导演的悉心指导和帮助下，于本正的导演技艺进步迅速，获得了显著的成长。1979年，他与汤因合作导演了《等到满山红叶时》，在创作过程中，他秉持着精益求精的态度，与团队共同努力，致力于追求一种富有诗情画意、风格清新淡雅的影片意境，展现了独特的艺术追求。1985年，于本正担任上海电影制片厂第一创作集体的主任，随后于1987年升任副厂长，并在1989年正式出任厂长，承担起重要的行政管理职责。同样在1985年，他根据曹禺先生同名话剧改编执导的《日出》，被视为其电影事业的巅峰之作；这部影片既忠实地遵从了原著的精髓，又娴熟地运用了电影化的表现手法，将旧上海社会里形形色色的人物刻画得入木三分，极为深刻地将原著的精神内涵通过银幕传达给了观众。1987年，于本正又将创作视角转向青少年题材，拍摄了《紫红色的皇冠》，该片因其出色的表现，荣获了当年第三届儿童少年电影童牛奖的肯定。尽管担任上影厂厂长后行政工作十分繁忙，但于本正始终未曾忘记自己作为电影人的本职，依然在电影艺术创作的道路上不断进行探索与尝试，坚持着自己的艺术理想。
从历史发展的脉络来看，一系列具有里程碑意义的著作在不同时期相继问世，持续推动着相关领域的进步与思考。具体而言，在2007年，《天地告白》的出版标志着新的理论探索阶段的开启；紧随其后，2000年问世的《生死抉择》则反映了世纪之交的重要思想总结。回溯至1995年，《信访办主任》为当时的学术讨论提供了关键视角；而1994年的《悲情枪手》同样在专业领域内产生了深远影响。更早一些，1992年出版的《走出地平线 上下集》奠定了后续研究的部分基础，1987年的《紫红色的皇冠》亦是对特定时期实践经验的系统提炼。进入八十年代，1983年的《漂泊奇遇》与1982年的《魂系蓝天》分别从不同侧面回应了时代提出的议题。1980年面世的《等到满山红叶时》可被视为承前启后的重要作品，而1978年出版的《特殊任务》在改革开放的初期背景下具有独特的启蒙价值。最后，1976年诞生的《难忘的战斗》作为这一系列中较早的著作，其历史意义和开创性贡献同样不容忽视。这些著作按时间顺序排列，清晰地勾勒出一条思想与知识持续积累和发展的轨迹。
在电视剧创作领域，《我想有个家》曾担任二十集电视连续剧的导演工作，展现了其执导长篇叙事作品的能力。随后，《千堆雪》同样作为二十集电视连续剧的导演，延续了其在电视剧集制作方面的实践与探索。而《啊哟妈妈》则更进一步，在二十集电视连续剧中担任总导演一职，统筹全局，负责把握作品的整体艺术方向与制作质量，这标志着其创作职责与影响力的显著提升。
上海市第九、十届政协委员。