简介：在哥斯拉坠入三原山火山口后，日本享受了五年难得的和平。然而，自卫队并未放松警惕，他们秘密研发了两大终极武器：利用哥斯拉细胞培育的“抗核细菌”（ANB），以及升级版的对怪兽决战兵器“Super X2”。与此同时，三原山一带频繁的地壳活动预示着哥斯拉即将苏醒，其释放的辐射意外导致科学家白神博士心爱的实验植物——融合了女儿细胞与玫瑰基因的杂交体——彻底枯萎。悲痛之下，白神博士投身ANB计划，却暗中将哥斯拉细胞与那株植物的残存组织结合，创造出了拥有可怕生命力的植物怪兽“碧奥兰蒂”。 随着三原山轰然爆发，哥斯拉再度君临，以无可阻挡之势向东京进发。自卫队出动Super X2，虽暂时改变了哥斯拉的行进路线，却最终不敌其狂暴的攻势。然而，哥斯拉并未直取都市，反而被一股神秘力量吸引，转向了芦之湖方向——在那里，因事故而失控的巨大化碧奥兰蒂正肆意生长。…