在神林民三的部下长谷部研矢协助执行针对朝仓丽(仲间由纪惠 饰)的暗杀阴谋过程中，现马成功将其被囚禁于神林基地的妻子六花与女儿美有解救出来。然而，由于神林方面持续不断的追捕，现马在逃亡途中与妻女失散。他四处搜寻六花和美有的下落，最终不得不与神林展开正面交锋。与此同时，丽正被一种难以置之不理的疑虑所困扰。她获悉知晓其子夕太因正当防卫致人死亡这一秘密的葵塔子已遭遇意外身亡。丽推断此事乃是上州为彻底掩盖夕太的杀人行为而谋害了葵塔子，并决心将全部内情公之于众。然而，以她的丈夫遥平为代表的身边众人接连向她提出劝诫，这些言论使她的决心产生了动摇。
同一时期，CTU方面通过调查发现，内部叛变并自杀的明智菫在生前五个月内曾向其母亲的银行账户存入巨额资金。伊月与南条巧在核查菫的账户存款记录后，产生了一个新的怀疑：现马在七年前所执行的代号为“夜幕作战”的机密任务，可能与当前这起暗杀计划存在某种关联。两人随即对此展开了深入细致的调查。随着调查的推进，一个表明暗杀朝仓丽的计划其实并未停止的、具有冲击性的真相逐渐显露出来。整个事态的发展显示出，表面之下潜藏着更为错综复杂的联系与尚未中止的威胁，各方力量的博弈在暗处持续进行，而关键人物的抉择将直接影响事件的最终走向。