身患重症的神谷前往日本将军处进行汇报，表明自身系受日本帝国正式委任，并陈述将以残存的生命效忠国家，恳请大佐分配任务。日本将军告知，日军现已掌控南京等华北地域，中国政府缺乏抵抗能力，然而华中战区的长沙会战屡遭挫败，致使日军士气受损，因此指令神谷针对中国的别动队展开行动，要求其组建一支特别行动小组并由神谷全权指挥，同时说明华中派遣司令部已授予其最高指挥权限。日本将军强调神谷作为日本军人，承担着帝国的神圣职责，若遇困难可寻鬼冢协助，并提及令鬼冢蒙受耻辱者系一名叫陈天放(潘泰名 饰)的军官。
鬼冢带着浓重醉意前来面见神谷，神谷请鬼冢品尝家乡所酿之酒，提及幼时故乡民众皆饮此酒，如今虽不能目睹故土樱花，但饮此乡酿仍感同样醇美。鬼冢对此并不认同。神谷又言鬼冢之妻于自己临行前托付转交鬼冢钟爱的威士忌。神谷请鬼冢告知有关陈天放的情报。鬼冢称陈天放杀害其弟并炸毁机场，计划派遣安插于陈天放身边的潜伏人员实施刺杀。神谷不赞同鬼冢的方案，指出若令潜伏于陈天放身边的密探行动，将损失一枚重要棋子，并断言鬼冢难以如愿。
随红拜访白阿姨劝其不必忧虑，表示陈天放必将安然无恙，并称陈天放行为端正处事公正，待刘洪元司令返回即可化解困境。随红同时向白阿姨辞行，言明需返回自身工作岗位。白阿姨深明事理，嘱托随红多加保重。随红回应陈天放定会平安归来，自己将始终等待陈天放获释。化中贿赂监狱长，令其胁迫陈天放在认罪文书上签字，声称此事有孙敏作为倚仗，只要办成此事便可升迁得财尽享富贵。深夜时分，随红手提行李离开陈家。监狱长对陈天放宣称因其发表不当言论故而予以关押，要求其在记载其言论的文字凭证上签字，并以利诱之，表示只要签字必向上级请求宽大处理，争取尽早释放。陈天放于文件上签署姓名，但暗中取走文件上的一枚曲别针。化中审阅文件后指示受贿者，令其当晚秘密押送陈天放至军事法庭受审，并要求将共产党员钱义一并押解。
刘洪元获悉陈天放被捕后致电孔文生，询问下达逮捕命令者何人，孔文生称陈天放必然得罪了某些势力，并承诺关押数日便会释放。押送陈天放前往军事法庭途中，车辆遭人跟踪，陈天放利用曲别针打开手铐，携钱义下车与开枪射击的黑衣人交火。子弹耗尽后，陈天放带领钱义奔入道路对面的小树林。安顿好钱义，陈天放随即进入作战状态。击毙两名黑衣人后，陈天放正欲审问最后一人受谁指使，该黑衣人却咬舌自尽。陈天放返回车内尝试修复车辆以便继续前行。行车中途，陈天放释放钱义，口中念道“本是同根生，相煎何太急”，并表明凡真心抗日者皆可为友。
刘洪元致电孙敏要求释放陈天放，孙敏命化中通知监狱放人，化中却报称监狱长已押解陈天放前往军事法庭，孙敏震怒下令彻查此事主谋。刘洪元知悉后即命令杜俨调查何人胆敢私自下达指令。刘洪元正欲与孙敏理论之际，陈天放前来报到，陈述认为内部必然存在问题，遂带领司令与孙敏查看车内监狱长尸体。陈天放指出此事并不单纯，涉及日本人关联，且背后另有指使者。孙敏指责陈天放污蔑自身，虽厌恶陈天放但绝不从事有辱国格之事。刘洪元对陈天放表示了解孙敏为人，其绝非此类角色，并告诫陈天放过刚易折。陈天放返回家中，众人欣喜异常。陈天放询问随红去向，白阿姨告知随红已前往医院。组织下达命令，要求随红借军统招募特训班之机潜入军统特训班。随红与同志们商议后获知，苍狼掌握松柏的上线代号为灰雁，因而决定通过灰雁这一代号线索追查苍狼身份。
日本将军向神谷进一步阐释华中战局的战略意义，指出控制该区域对帝国整体战略具有关键影响。神谷聆听后表示将竭尽所能完成使命，即便生命濒临终点亦在所不惜。鬼冢离开神谷处所后独自沉思，对陈天放的仇恨使其情绪愈发偏激，但神谷的劝阻令其行动暂缓。与此同时，化中与孙敏之间的权力博弈逐渐浮出水面，化中利用孙敏的名义行事，实则谋求个人晋升之阶。
随红抵达医院后与联络员秘密会面，接收组织最新指示。军统特训班的选拔程序严格，随红需以伪造身份通过层层审查。她仔细研究特训班课程设置与人员构成，为潜入做好充分准备。白阿姨在家中为陈天放准备餐食，虽表面平静，内心仍存隐忧。陈天放察觉家中气氛微妙，但未深入追问，转而分析近日遭遇的袭击事件。
刘洪元司令部内，杜俨展开秘密调查，逐步梳理化中与监狱长之间的资金往来线索。孙敏虽对陈天放不满，但更警惕内部人员借其名义擅自行事。他暗中部署亲信监控化中举动，同时与刘洪元保持表面合作。军事法庭方面因押送车辆失踪启动应急程序，派出搜索队伍沿路巡查。
钱义被释放后迅速与地下组织取得联系，汇报途中遭遇。党组织判断此次袭击与日军情报机构存在关联，指示各联络站提高警戒级别。陈天放返回部队后提交详细报告，指出内部安全体系存在漏洞，建议进行全面审查。刘洪元虽认可其观点，但顾及各方势力平衡，要求暂缓大规模调查。
神谷组建的行动小组开始运作，成员均经过严格筛选，具备特种作战经验。鬼冢虽未直接参与小组行动，但仍通过个人渠道搜集陈天放相关情报。日军华中派遣司令部定期听取神谷汇报，并对行动进展表示关注。与此同时，军统特训班开班在即，随红以优异成绩通过初步考核，获得入学资格。
化中得知监狱长死亡消息后试图销毁相关证据，但杜俨的调查已取得实质性进展。孙敏获知化中擅自行动的证据后，考虑与其切割以自保。刘洪元则利用此机会巩固自身地位，在军事会议上提出整肃军纪的提案。陈天放被暂时停职接受内部调查，但他利用此段时间深入分析近期事件背后的关联线索。
随红进入特训班后谨慎观察同期学员，寻找可能存在的联络人。她注意到训练课程中特别强调反间谍技巧，推断军统近期可能面临渗透威胁。在夜间训练中，随红凭借出色表现引起教官注意，被选入特别行动组参与模拟任务。与此同时，神谷的行动小组策划首次行动，目标指向华中地区的抗日情报网络。
白阿姨通过秘密渠道向随红传递家中近况，暗示陈天放处境有所改善。陈天放本人则与钱义建立秘密联络，共享关于日军特种部队活动的情报。刘洪元最终获得化中渎职的确凿证据，但在孙敏干预下，化中仅被调离原职而未受严惩。此事使刘洪元与孙敏之间的矛盾进一步加深。
日军司令部对神谷小组的进展表示满意，但要求加快行动节奏。鬼冢私自联络潜伏人员试图行动，被神谷及时制止。神谷强调必须遵循整体战略，不可因个人恩怨破坏大局。鬼冢表面服从，暗中仍在策划报复行动。陈天放通过分析多次袭击模式，推断存在一个协调各方行动的指挥中枢。
随红在特训班中发现可疑人员频繁接触特定教官，她将这一情况密报组织。上级指示她继续潜伏，收集更多关于军统内部人员背景的信息。与此同时，灰雁代号的出现引起各方关注，军统反间谍部门开始追溯该代号的历史使用记录。神谷小组通过无线电侦测，定位到一处疑似别动队联络站的地点，计划实施突袭。
刘洪元司令部加强安全戒备，杜俨组建特别保卫小组负责核心人员安全。陈天放虽仍处停职状态，但被允许参与部分情报分析工作。他整合多方信息后提出假设：日军可能已渗透至国军指挥系统中层。这一判断引起刘洪元高度重视，下令扩大调查范围。
孙敏为挽回声誉，主动提出协助调查内部泄密事件。化中调职后试图通过旧部继续施加影响，但多数下属为避免牵连而疏远。钱义所在的地下组织成功截获日军加密通信，经破译发现提及“特别行动组”字样。随红在特训班的训练进入实战模拟阶段，她谨慎平衡表现优异与保持隐蔽之间的关系。
神谷的健康状况持续恶化，但他拒绝撤离一线，坚持亲自指挥每次行动。鬼冢利用神谷就医时机，试图调动部分人员执行私自计划，但被神谷提前布置的监督机制阻止。日军司令部考虑增派副指挥官协助神谷工作，但神谷以需要时间考察为由暂缓决定。
陈天放通过合法渠道申请复职，并提交关于改进内部安全体系的完整方案。刘洪元在军事会议上讨论该方案，获得多数军官支持。孙敏虽持保留意见，但未公开反对。随红在特训班最终考核中获得优异成绩，被分配至军统情报分析部门，这为她接触核心情报创造了条件。
灰雁代号的调查取得突破，历史档案显示该代号曾用于抗战初期的高级联络员。军统反间谍部门锁定数名可疑对象，其中一人与化中过往存在交集。杜俨的调查也指向同一方向，各方线索逐渐汇聚。神谷小组的首次行动因情报泄露而受阻，神谷怀疑小组内部存在安全问题，下令进行内部审查。
白阿姨收到随红密信，得知其已顺利潜入目标岗位。陈天放复职申请获批准，重返原岗位后立即着手整顿下属部门。钱义提供的新情报显示，日军正在训练特种部队实施斩首行动。刘洪元召开紧急会议部署应对措施，要求各部队加强指挥官安保工作。
日军司令部对神谷小组的进展迟缓表示不满，要求限期取得实质性成果。鬼冢主动请缨执行高风险任务，试图挽回声誉。神谷在权衡后批准其计划，但设置严格行动限制。与此同时，随红在军统档案室发现一份加密文件提及“苍狼计划”，她设法复制文件内容传送给组织。
陈天放根据最新情报调整防御部署，特别加强指挥所周边警戒。孙敏为显示合作诚意，向刘洪元共享部分监控记录。化中察觉自身处境危险，开始准备逃亡方案。杜俨的监控网络发现化中异常举动，立即向刘洪元汇报。一场围绕内部清洗与外部威胁的多方博弈正在悄然展开，每个参与者都在复杂局势中寻找自身的位置与出路。