康熙(夏雨 饰)八年，四大辅臣中位列首位的索尼离世。康熙皇帝从这一事件中察觉到契机，决意亲自执掌朝政。与此同时，为探究先帝遗诏的实情，康熙携同其伴读曹寅，身着便服前往安亲王府邸。在府中，康熙偶然遇见了鳌拜之女青格儿(胡静 饰)，以及明珠之子、才学出众的纳兰性德(钟汉良 饰)。康熙为青格儿的姿容所吸引，但并未表露自身身份，却在言谈间与纳兰性德产生争执。青格儿亦以犀利的言辞直指康熙，致使康熙勃然大怒，意欲惩治纳兰性德与青格儿。太皇太后孝庄及时抵达现场，解救下二人，并亲自指定纳兰性德充任康熙的伴读。此后，由纳兰性德执笔起草的神功圣德碑文深得康熙赞许，康熙遂将纳兰性德留在身边担任侍卫之职。此举令曹寅心中悄然生出一丝妒意。
一直对纳兰性德怀有深情的青格儿认为，纳兰性德的才学应当担任大学士。纳兰性德知晓青格儿对他的情意，然而他个人的情感早已寄托于自幼相伴的惠儿身上，纳兰性德由此陷入两难处境。遵照孝庄的密令，曹寅每日需向孝庄秘密禀报康熙当日的情形。康熙的日渐成长令孝庄感到欣慰，但其不安于现状的举动亦引发孝庄的忧虑。纳兰性德之父明珠担忧儿子所撰的神功圣德碑文可能为家族乃至皇上招致灾祸，因此要求纳兰性德远走他乡。惠儿表示愿意生死相随。在朝会之上，苏克萨哈宣读奏章，正式恳请皇上废止辅臣制度，由皇帝独揽大权。
纳兰性德接到父亲催促其速离的纸条，却并未离去，反而决定进入皇宫。在乾清宫内，孝庄的出现使得方才达成的微妙平衡再度向鳌拜倾斜。匆忙赶至的纳兰性德，以“孝”道为依据，促使康熙寻得为顺治皇帝树立碑文的理由。孝庄与诸位大臣不便反对，鳌拜则提出需严厉处置纳兰性德，孝庄表示同意。为拯救纳兰性德，青格儿以性命相胁。鳌拜见康熙对此事如此重视，态度略有缓和，但仍坚持须施以重罚。孝庄不同意青格儿嫁予康熙，为此事，孝庄与鳌拜首次发生正面冲突。孝庄颁布旨意，命青格儿与福全成婚。这一决定使鳌拜深感沮丧，同时也遭到青格儿的激烈抗拒。青格儿为此离家出走，途中遇见惠儿，二人结为好友，但彼此心知所爱乃是同一人。
鳌拜对此产生疑心，纳兰性德在情急之下寻求康熙援助。康熙将青格儿秘密送至端敏居所安置。青格儿离开后，纳兰性德与惠儿之间的情感出现了微妙变化。自上次康熙遇见惠儿后，对其念念不忘，多次与曹寅谈及惠儿。曹寅亲自将惠儿接入宫中，使其与青格儿及端敏相见。纳兰性德并未过多思虑此事。康熙一有时间便前去探望三位女子，面对青格儿与惠儿，心情颇为复杂。福全无意间在端敏住处撞见青格儿，青格儿只得吐露实情，表明不愿嫁给福全。一向敦厚的福全深受刺激，恳求孝庄取消婚约。由于鳌拜亦持消极态度，婚事被无限期推迟。而此刻，福全心中首次对康熙萌生恨意。
苏克萨哈劝谏康熙需提防鳌拜篡位。次日朝会上，苏克萨哈提出辞呈，竟招致鳌拜意欲诛杀其全家的祸患。依照程序，此类决定均需以皇帝旨意颁布。康熙不肯应允，向孝庄求助。孝庄告诫康熙避免与鳌拜正面冲突，最终康熙向鳌拜作出妥协。自此之后，康熙决意必须铲除鳌拜，不料此意被鳌拜获悉。鳌拜认为年少皇帝不足信赖，为保大清江山，唯有更换皇帝。鳌拜与诸位亲王密议后，率领众人连夜入宫觐见孝庄。孝庄未明确表示反对，仅言明待其病愈后再行定夺。众人离去后，孝庄病情加剧，瘫卧于床榻。孝庄告知苏墨尔，真正的威胁并非鳌拜，而是隐匿于其身后的那些皇室亲贵。孝庄开始施行一系列筹划，她命令索尼之子索额图秘密入宫，又单独召见纳兰性德与明珠。
索额图与纳兰性德同时与康熙紧急商议应对之策。此期间，福全前来寻访康熙并加以斥责。康熙见到昏迷的孝庄后神色慌乱，甚至萌生放弃皇位之念。纳兰性德与曹寅设法鼓舞康熙，最终康熙决定与鳌拜进行殊死较量。曹寅提议以青格儿为诱饵，引鳌拜进入宫廷。纳兰性德寻得青格儿，青格儿于危难之际仍给鳌拜修书一封。鳌拜见到青格儿的书信后，不顾班布尔善等人劝阻，当即决定入宫。就在上书房内，曹寅与索额图率众人一拥而上，却无法奈何这位“满洲第一勇士”。危急时刻，康熙提刀欲亲自与鳌拜以死相搏。鳌拜忽然察觉眼前的少年已非不经世事的孩童，他已能够将大清江山托付于康熙。而此刻，唯有牺牲自己方能最终成就康熙，鳌拜放弃了抵抗。结果，曾经显赫一时的鳌拜被众人以铁链牢牢束缚。
与此同时，卧于床榻的孝庄骤然睁开双眼，喝令苏墨尔搀扶自己去见康熙。正当索额图欲杀鳌拜时，被孝庄出声制止。众人皆以为孝庄将释放鳌拜，但孝庄摇头表示不可放虎归山。从这一刻起，大病初愈的孝庄仿佛变了一个人，以冷静而果断的姿态辅佐康熙。经过令人窒息的十二个时辰，当热河驻军的先头部队抵达京城外时，孝庄身子一软，瘫倒在座椅上。自此，乾清宫中再也见不到几位辅臣的身影。康熙最终未处死鳌拜，既因青格儿之故，亦因鳌拜在被擒前已用行动表明其确无叛逆之心，所虑唯有大清江山社稷的千秋万代。更何况，鳌拜为免牵连青格儿，说出了青格儿的身世秘密。康熙要鳌拜放心，承诺必定善待青格儿，但青格儿却失踪了。
对于纳兰性德与曹寅在此次事件中立下的巨大功勋，康熙极为感激。康熙郑重书写密旨两份，其中言明，今后无论二人所言何事、所行何事，皇帝将永不降罪于他们。就这样，康熙这位少年皇帝跌跌撞撞地开始了自身的政治生涯，亦在君权与人性的纠葛中开启了其曲折的情感历程。在孝庄的建议下，康熙重用索额图与明珠。此后，康熙展开了他的统一大业，平定三藩，收复台湾，开设博学鸿儒科，从而在根本上确立起大一统的封建王朝格局。这一系列举措不仅稳固了清初的统治基础，也为后续的康乾盛世奠定了坚实的政治与文化根基。康熙皇帝在错综复杂的权力网络中逐步巩固自身权威，其执政初期的这些经历，深刻塑造了他日后勤政、谨慎而又不乏魄力的统治风格。整个过程中，个人情感与政治抉择相互交织，展现出少年天子在成长过程中所面临的重重考验与艰难抉择。