杨秀(是安 饰)坚持拒绝离开现场，剑雄在别无选择的情况下采取了武力手段。此时已身负重伤的杨秀依然不愿放弃立场，高声呼喊“靖国难，清君侧”的口号。周围聚集的民众被其不屈不挠的精神所感染，相继跟随呼喊相同口号。面对此种局面，剑雄只能采取强制措施驱散人群，并下令将杨秀拘捕带走。剑雄将杨秀带至自己府邸，随即安排人员为其诊治伤势并敷药治疗。不料梁五与明德(张志坚 饰)突然到访，强行将杨秀带离。伤势未愈的杨秀向明德陈述严党掌控朝政、迫害忠良的种种行径，同时指出当朝阁老徐阶徐大人为官清正廉洁，实属难得的贤臣。另一方面，他也指责剑雄与明德相互勾结的行为。明德则借此指称杨秀与徐党存在秘密联系。
少林寺内的闻道于夜间外出散步，聆听蟋蟀鸣叫时，诸多往事浮现于脑海，其中既有关于父亲的记忆，也包含对蓁蓁的思念。随后他又回忆起父亲遇害时的惨状，然而败火明确禁止其下山，内心痛苦的闻道通过胡乱抛掷院内物品来宣泄情绪。剑雄在私室中以自我鞭笞的方式惩戒自身近期对程家、李家及杨秀造成的伤害。
次日清晨，闻道在庭院中醒来后，匆忙进入屋内四处翻寻典籍。负责照料他的僧人手持一本《达摩内经》前来，说明此书籍不得示与外人。闻道遂承诺为其烹制美食作为交换，僧人便将书中内容诵读予其聆听。原来闻道寻找此经书的目的在于获取其中记载的寒疾治疗方法，以期化解自身所中寒毒。经文中提及一种针灸疗法可暂时抑制寒毒，但三个月后寒毒将彻底排出体外，施术者随之暴毙身亡。此时外界传来喧闹声响，僧人告知今日乃观音出家纪念日。
剑雄前来探望杨秀，但杨秀完全不予接受。剑雄向其倾诉自身无奈处境，为维护高家利益、遵从父亲意愿，不得不充当明德的协助者。剑雄恳求杨秀珍惜生命，表明不愿再失去这位兄弟。此时蓁蓁前来寻找杨秀，递交一封李王爷生前写给杨秀的书信。信中主要内容是嘱托杨秀保重自身并照顾蓁蓁。随后高寿昔亦抵达现场，宣布将杨秀移交锦衣卫关押，并定于五日后执行斩刑。剑雄上前阻拦未果，因众人无力与严党势力抗衡。此外高寿昔安排蓁蓁次日前往尼姑庵，称此为高家能为她所做的最后安排。
败火为闻道治疗寒毒期间，劝其放下下山的执念，并指派三名僧人妥善照料闻道。翌日蓁蓁启程前往无名庵，而此时处于睡梦中的闻道依然心系蓁蓁。苏醒后的闻道悄悄从僧人身上取走经书，自院中取得斧头后向外行去，途中受到方丈阻拦并被击晕。随后败火出现，将昏迷的闻道抬回原处并加以捆绑。
杨秀被押送至锦衣卫牢狱后，虽身处阴暗囚室仍保持挺直脊梁。狱卒依照明德指示对其施加刑讯，杨秀咬紧牙关未吐露任何信息。梁五每日前往牢房巡视，以冷嘲热讽的语气提及徐阶近况，试图瓦解其心理防线。杨秀始终以沉默应对，仅在被问及时重复“清君侧”三字。牢狱窗外可闻市井喧嚣，民众对杨秀事迹的议论渐次传播，茶馆酒肆间开始出现隐晦传唱其气节的民间小调。
剑雄多次前往锦衣卫衙门求见高寿昔，均被守卫拦阻于门外。其府中幕僚建议向严世蕃递送厚礼疏通关系，剑雄将书案物品尽数扫落地面。深夜时分，剑雄独自在祠堂跪拜，面对祖先牌位陈述自身陷于忠义两难处境的煎熬。管家在门外听闻其低语“护不住兄弟，保不住心志”，不禁掩面叹息。
无名庵内，蓁蓁跪于佛前诵读经文时，指尖反复摩挲李王爷书信边缘。庵中老尼告知此地原为前朝罪臣之女修行处所，蓁蓁凝视斑驳墙壁上历代女子刻写的诗词，于窗台处拾获半枚褪色香囊。夜间风雨骤临时，她将香囊置于枕下，彻夜聆听屋檐滴水之声。
少林寺藏经阁中，败火与方丈对坐弈棋。方丈落子时提及闻道体内寒毒已侵入经脉，败火执棋沉吟良久，最终将黑子置于棋盘边缘。烛火摇曳间，二人谈及二十年前寒毒首次现世引发的江湖风波，窗外松涛声与佛殿钟鸣交织回荡。负责看守闻道的年轻僧人在廊下打盹，梦中重现故乡清明时节的细雨景象。
刑部下达正式文书那日，北京城飘起细雨。诏狱天井处积水映出破碎天空，杨秀借水面倒影整理散乱鬓发。狱卒送来断头饭时罕见地未出恶言，仅将食盒轻轻推入栅栏。杨秀盘腿而坐，将饭菜分为三份，其中两份朝向南方与东方摆放。梁五在刑场监督搭建木台时，莫名感到颈后阵阵寒意，遂命侍从增添衣物。
剑雄于行刑前夜策马至西山荒岭，对着悬崖连续射出十八支羽箭，直至弓弦崩断。归途经过杨秀旧宅，见院中老槐树依旧枝繁叶茂，遂下马拾取一片落叶纳入怀中。更夫敲响四更鼓时，剑雄在书房铺展宣纸，提笔书写又屡次揉弃，最终纸上只余斑驳墨渍而无成文。
闻道在禅房苏醒时发现四肢被牛筋绳索固定，遂以目光示意窗前水壶。看守僧人转身取水之际，闻道暗中运转内力试图冲开穴道，却引发寒毒反噬而口溢黑血。败火闻声而入，以金针封其七处大穴，叹息声在空旷禅房内缓缓消散。经书被方丈重新锁入铁箱，钥匙沉入放生池底，池中锦鲤环绕青铜钥匙形成缓慢游动的圆圈。
蓁蓁在无名庵后山采集野菜时，发现岩缝中生长着与李王府后园相同的紫色野花。她将花朵夹入随身经书，返回庵堂时遇见前来送粮的高家老仆。老仆悄悄塞给她一枚刻有“杨”字的玉佩，低声转述剑雄“留待清明”的嘱托。当夜蓁蓁将玉佩与香囊共同埋于庵中古梅树下，土壤覆盖瞬间忽然领悟父亲书信中“活着便是守望”的深意。
刑场四周在黎明前便已部署重兵，百姓被限制在百丈外木栅栏后方。杨秀被押解出场时，人群出现轻微骚动又迅速平息。剑雄隐身于临街酒楼二层厢房，透过窗隙注视刑台，手中酒杯出现细微裂痕。辰时三刻，当监斩官即将投下令牌之际，一匹无人驾驭的白马突然冲入刑场，引起全场哗然与兵士骚动。