“干将莫邪”这对神剑，源自春秋时期铸剑大师干将与其妻子莫邪倾注心血、以生命与不朽爱情熔炼而成的传奇。铸造过程中，取自五山六合的金铁精华历经六个月仍未能熔化，莫邪遂纵身跃入炉中，“烁身以成剑”。为纪念莫邪，干将铸造出一雌一雄两柄宝剑。他将雄剑进献给吴王，然而吴王执意追问雌剑下落。被兵士围困的干将，面对剑匣中的雌剑发出绝望的询问：莫邪莫邪，我们如何才能永不分离。匣中宝剑骤然化作一缕清烟，携干将一同消逝。自此，干将莫邪夫妇与那对神剑便从世间隐没，再无踪迹。千百年来，无数追寻者试图探寻“干将莫邪神剑”的下落。
千年之后，时值中国大分裂时期，作为汉族正统政权的东晋，在匈奴等少数民族政权的联合进逼下，被迫退守江南。年轻而端庄的太后携不足十岁的小皇帝，艰难维系着朝廷局面。得道高人赤松道长(于承惠 饰)推算出岌岌可危的东晋政权即将遭遇一场巨大灾劫。唯有依赖一段天命所定的姻缘，在某个注定的深情时刻，唤醒那对沉寂千年的干将莫邪神剑所蕴藏的神力，方能化解这场浩劫。来自金华的神医黄楚明(周杰 饰)与其恋人柳一夕(孙菲菲 饰)，便如此被卷入历史洪流。
一次偶然事件中，黄楚明阻挠了曹太尉针对太后的刺杀计划，并将身处险境的太后解救出来；而柳一夕因某种与生俱来的灵性特质，使得时常哭闹不休的小皇帝唯独见到她方能平静，柳一夕因此被恼羞成怒的曹太尉掳走并献入宫中。黄楚明由此踏上了寻找与拯救柳一夕的征途。
由于小皇帝对柳一夕的眷恋，曹太尉与后赵派遣的道士释空尘暗中勾结，借助巫术与邪药控制了柳一夕的心智，企图通过她操纵小皇帝以实现其图谋。原本超凡脱俗的柳一夕自此心性剧变，宛若被邪灵附体，时而显得凶暴异常，仅在与黄楚明目光交汇的刹那，眼中才会偶尔掠过一丝凄楚神情。
在拯救柳一夕的过程里，黄楚明被卷入层层阴谋之中。凭借其天性中的赤诚与卓绝禀赋，黄楚明开启了于乱世中济世安民的人生篇章。逐渐地，黄楚明成为多方势力角逐的核心，种种阴谋的成败关键，皆系于其一身。
最终，在赤松道长的指引下，在王羲之(狄龙 饰)俊逸洒脱的书法艺术熏陶之中，黄楚明完成了天命所托付的使命，消解了这场巨大灾劫。他本人在此历程中历经数次生死考验，体验了多番情感纠葛，最终领悟到自身存在的价值与意义。
这段跨越千年的因缘，将古代传说与动荡时局紧密相连。神剑的传说不再仅是遥远的故事，而成为影响现实命运的关键要素。黄楚明与柳一夕的情感，在乱世阴谋与天命使命的双重压力下，经受着严峻考验。各方势力的博弈，不仅关乎个人生死，更牵动着王朝的安危与百姓的命运。
赤松道长的预言，如同暗夜中的微光，指引着迷途中的前行者。王羲之的书法艺术，则以其特有的精神力量，在潜移默化中塑造着黄楚明的品格与境界。这些元素相互交织，共同构成一幅波澜壮阔的历史画卷。
黄楚明的成长轨迹，从一个民间医者逐渐成为影响时局的关键人物，这一转变过程蕴含着深刻的命运启示。他的医术不仅治愈身体疾苦，更在某种程度上疗愈着时代的创伤。柳一夕的遭遇，则折射出乱世中个体命运的脆弱与无奈，以及人性在极端处境下所展现的复杂面貌。
曹太尉与释空尘的阴谋，代表着乱世中常见的权力争夺与人性阴暗面。他们的计划虽周密，却最终未能抵挡天命与真情的合力。这种对抗不仅体现在武力与智谋的较量上，更展现在精神境界与道德高度的差异之中。
整个故事的发展，始终贯穿着天命与人为的相互作用。干将莫邪神剑的传说，为这段历史增添了神秘色彩与现实关联。黄楚明与柳一夕的情感，则在个人命运与历史洪流的交汇处，绽放出独特的光芒。最终浩劫的消弭，不仅是个人努力的成果，更是多种因素共同作用的必然结果。
这段历史插曲，在漫长的时间长河中或许只是短暂一瞬，却深刻影响着相关人物的命运轨迹。黄楚明在经历种种磨难后所获得的人生体悟，超越了个人得失，触及到生命存在的本质意义。而干将莫邪神剑的传说，也通过这段历史际遇，获得了新的传承与诠释。