贞观时期的都城长安，摩勒国爆发内部动乱，唐太宗把握时机派遣军队，意图消除边境潜在威胁。尉迟敬德举荐代州都督张公谨与并州都督李绩，随同元帅李靖一道率军远征。骤然间雷霆震响，令李世民(贺刚 饰)与尉迟敬德深感惊愕。太宗召见常何与马周，询问天象异动所预示的玄机，马周仅奏报惊雷引燃了长安城外的粮草储备营地，太宗闻讯勃然震怒。太宗责令常何与马周彻查此事原委。在长安城某处街口，一名男子遭遇三名刺客围击；几乎同一时刻，一位容貌姣好的女子也在其闺阁之内被杀手残忍害命。随意楼中，摇光(康福震 饰)刚刚合拢门户，那名遭刺客追击的男子便满身鲜血地猛然闯入。李淳风(陈浩民 饰)正欲为其喂服药物时，察觉该男子舌部已被割除。尉迟敬德来到随意楼，告知李淳风粮草遭天雷焚毁一事，并提及朝中主和派正力谏皇帝放弃出征计划。在一所寺庙内，一名神秘人物以重金贿赂住持，要求其说服皇帝在已焚毁的粮草大营旧址设立祭坛，举行祭天仪式。与此同时，长安城外的狄烈国使团正在安营休整，一名首领模样的人物向属下命令，要求其速往长安，向城中的联络人传递口信：“野狼难驯，龙口绝杀。”马周前往随意楼拜访李淳风，恳请他调查粮草被焚事件的真相。李淳风当即回绝。那位神秘人物此时询问祭天事宜的安排进展，并吩咐手下告知一位名叫洛布的人物，一切依照原定计划推进。李淳风就寝之际，摇光向他提及，昨日被割舌之人的状态似有异常。李淳风下楼查看，发现该人伤势已趋稳定，遂为其施行针灸治疗。随后，李淳风注意到此人衣领后方绣有一个“乙”字标记，并且在其鞋履上发现了附着物。尉迟敬德前来寻找李淳风，意图协同马周一道劝说李协助调查粮草被焚案，却又不知如何开口，正在随意楼外斟酌言辞时，李淳风悄然出现在其身后。李淳风要求尉迟敬德带领自己前往被烧毁的草料场，尉迟敬德却摆出官架子迟疑不决。李淳风在尉迟敬德耳边低语一句，并言道：“是男子汉便别跟随我。”尉迟敬德最终还是跟了上去。两人抵达火灾现场，李淳风经过一番勘查，发现守卫草场的军士均系遭人杀害。此时，于姓军士向李淳风报告，草场名册登记在册者共有二十七人，然而现场寻获的尸体仅有二十六具。尉迟敬德忆及李将军推行的飞骑点兵制度，于军士便奉命前去核查。李淳风与尉迟敬德于茶叙之间，李淳风指出所谓天雷实属人为制造。名唤猴儿的女子前来寻找李淳风，李淳风吩咐摇光接待猴儿，两人一见面便争执起来。猴儿送来玄妙观观主的书信，观主邀请李淳风携酒前往一聚。途中，猴儿向李淳风问起，摇光是否厌恶自己。李淳风告诉猴儿，倘若一个男子不知该如何面对一位女子，便意味着他在意对方。猴儿随即追问李淳风是否亦是如此，李淳风以自己已是成年人为由，避而不答。李淳风抵达玄妙观，将从草料场取得的黑色颗粒物交予观主查验。观主告知此乃硝石，并向李淳风提及自己曾阅览《大清丹经要诀》一书，书中记载以硝石炼制丹药可能引发爆炸。长安城中号称“双侠”之一的瓜哥，潜入遇害的长安首席红歌姬的房间窃取物品，得手后瓜哥与同伙葫芦准备分赃，打开包裹却发现其中竟是一颗人头。尉迟恭意图强行闯入金銮殿，却遭马周与国舅长孙无忌阻拦，被告知国师法雅和尚正与皇帝商议祭天事宜，尉迟恭仍旧坚持闯宫。李淳风与尉迟敬德讨论皇帝设坛祭天之事，推测皇帝意欲借祭天仪式为顺利出兵营造声势。此时于军士前来向李淳风与尉迟敬德二人禀报，雷击事件当日点兵时，粮草营督粮官宋琪缺席，宋琪的相好乃是长安名妓金巧儿，且其曾表示将要迎娶金巧儿。李淳风询问于军士是否认识宋琪，于军士答称认得。李淳风遂引领其进入内室，指向那名被割舌之人，问于军士是否识得此人。于军士见状大惊失色，脱口而出：这不正是宋琪吗！
围绕粮草被焚与祭天仪式，各方势力在长安城中展开了一系列隐秘行动与博弈。太宗皇帝虽表面采纳祭天之议，内心实则权衡着出兵利弊与朝堂舆论。尉迟敬德作为坚定的主战派代表，其闯宫行为不仅反映了武将的直率，更揭示了军事决策背后复杂的人事角力。李淳风虽最初拒绝介入，但其严谨的勘察与推理能力，逐渐牵引出事件背后错综复杂的线索。从被割舌的宋琪，到草料场缺失的一具尸体，再到硝石残留物的发现，种种迹象均指向一场精心策划的阴谋，而非简单的天灾。
随意楼作为信息交汇的场所，见证了摇光、猴儿等人物的互动，这些日常场景的穿插，为紧张的主线剧情提供了缓冲，也侧面勾勒出李淳风所处的社会关系网络。猴儿对李淳风情感的试探，以及李淳风避而不谈的态度，暗示了人物内心情感的复杂性，与其在公务中表现出的冷静理性形成微妙对照。玄妙观观主提供的关于硝石与《大清丹经要诀》的知识，则将案件线索引向了可能涉及炼丹术或火药技术的隐秘领域，拓展了事件的技术背景。
寺庙中神秘人物收买住持的情节，表明祭天仪式本身可能已成为某些势力操纵舆论、影响朝局的一步棋。狄烈国使团传递的 cryptic 口信“野狼难驯，龙口绝杀”，暗示了外部势力可能与此案存在关联，或将边境军事冲突与长安城内的阴谋交织在一起。长安双侠瓜哥与葫芦意外卷入，盗得人头而非财宝，这一突兀转折不仅增添了案件的离奇性，也可能意味着红歌姬之死与粮草案存在尚未揭示的关联。
于军士认出宋琪的瞬间，是案情的一个重要转折点。失踪的督粮官以被割舌、重伤的形态出现，直接证明了粮草营事件绝非意外。宋琪与名妓金巧儿的关系，以及其筹备婚事的情况，为调查其行踪、动机以及可能遭遇的威胁提供了新的方向。李淳风通过细致观察，从衣领的“乙”字标记到鞋上的附着物，逐步拼凑线索，展现其作为调查者的敏锐。而尉迟敬德从最初的犹豫到后来的配合，也体现了人物在公私之间的权衡与转变。
整个事件如同一张逐渐展开的网，将宫廷政治、军事行动、江湖势力、异国阴谋以及个人情感编织在一起。祭天仪式的筹备在表面上是顺应天意、安抚民心的宗教行为，但在各方势力的操纵下，其实际目的可能截然不同。李淳风与尉迟敬德的合作，代表了专业智慧与行政权力的结合，共同面对隐藏在“天雷”背后的重重迷雾。随着宋琪身份的确认，调查的核心开始转向他为何失踪、被谁所害、以及其掌握何种关键信息，使得粮草被焚案的真相愈发扑朔迷离，也预示着后续更激烈的冲突与更深入的揭秘。