黑旗军与五花部落的族人最终达成和解，双方围坐一处，士兵们畅饮烈酒，享用肉食。此时，黄飞鸿(郑恺 饰)步伐稳健地走向人群，以不容置疑的语气向众人宣告，自己决定投身黑旗军。战事即将爆发，由于提前构筑了炮台阵地，黑旗军占据了有利地形，对日军发动猛烈炮击，使其遭受重创。紧要关头，刘永福将一项关键使命交付给黄飞鸿。然而黄飞鸿内心仍被阴霾笼罩，鉴于自己挚爱的女子竟是日本间谍，他难以分辨善恶真伪。刘永福见黄飞鸿如此畏缩不前，便以激昂的言辞激励他，指出日军登陆在即，若再迟疑不决，必将导致无数同胞伤亡。在刘永福的劝导下，黄飞鸿终于开始组织众人习练武艺，以增强体魄。
休憩间隙，阿妹引领黄飞鸿观赏鸢尾花丛。面对绽放的花朵，黄飞鸿不禁再度忆起岑慧慧(钟楚曦 饰)，思绪纷乱，心神难安。阿妹似乎未曾察觉他的异样，继续向他介绍这种绚丽的多彩花卉，并说明五花部落的名称正源于此花；她还讲述了一段与之相关的凄美爱情传说。黄飞鸿神情恍惚地聆听着故事，心中始终无法抹去慧慧的身影，只得断断续续地回应阿妹的言语。与此同时，黄麒英(吕良伟 饰)正深切惦念着儿子；十三姨隐匿在旁注视黄麒英，内心同样充满复杂情绪。
次日，十三姨独自徘徊于海岸边，神情忧郁。她渴望在浩瀚海洋中寻得许愿石，以寄托愁思。牙擦苏不愿见十三姨持续沉溺于牵挂，遂心生一计，设计了一幕黄飞鸿赌博赢取钱财后又抛弃妻儿的场景，意图让十三姨认清黄飞鸿的“真实品性”。十三姨全然不信牙擦苏所言，愤而夺门离去，恰巧识破其谋划。她勃然大怒，与牙擦苏发生激烈争执，最终不欢而散。
公元1895年，日军对台湾岛实施大规模炮击，战况持续升级。黑旗军与五花部落民众奋力抵抗，但日军炮弹击伤了被视为神圣的树木。刘永福担忧族人因此滋生事端，急忙下令属下封锁消息。阿妹行至树下，虔诚跪地祈祷。每年春季，此树都会开花，若花开不成，便预示灾难降临。然而神树受损的消息终究泄露，族人们认定阿妹是招致灾祸的元凶，决议将她处以火刑。黄飞鸿闻讯，即刻率领兵士前往营救。千钧一发之际，阿妹制止了双方冲突，表示自愿承担罪责。黄飞鸿挺身而出，愿代阿妹赴死。阿妹亦在此刻吐露心声，表达了对黄飞鸿的倾慕之情。
依据部落传统，黄飞鸿必须接受“五花箭神”的考验。阿妹挽弓搭箭，瞄准黄飞鸿——倘若黄飞鸿能幸存，便证明两人缘分天定。黄飞鸿闭目凝神，坦然以对。阿妹忍痛射出箭矢，三箭过后，黄飞鸿口涌鲜血，难以站立。但在族人们的声援与阿妹情感的鼓舞下，黄飞鸿以顽强意志重新起身，成功通过考验。
深夜时分，十三姨寻至牙擦苏处，希望他能协助获取日军情报。然而，此前费力擒获的日本间谍竟已全部毙命。十三姨深感震惊：这些间谍被捕多时，并无自杀迹象，为何突然身亡？真相是，他们均被樱花夫人所杀，而樱花夫人实为一名日本男子伪装。
同夜，黑旗军获悉朝廷已签订《马关条约》，群情激愤。将士们仍在浴血奋战，朝廷却已俯首认输。此等条约丧权辱国，令人痛心。刘永福高声激励士卒，誓言只要黑旗军旗帜仍飘扬于台湾岛上，必将战斗至最后一刻。众人深受感召，决心追随黑旗军抗争到底。
在后续发展中，各方势力持续周旋。钟国柱与钟太婆桂森等人物亦在复杂局势中扮演各自角色。孙玛利、思翰、田凯等人物的行动同样交织于这段历史脉络中。情报传递、战略部署与日常坚守构成了这段岁月的多维图景。岛上居民在炮火间隙维持生计，于动荡中寻求微薄安宁。黑旗军士兵在操练与备战中度过日夜，五花部落族人则依循古老传统，守护着他们的信仰与家园。黄飞鸿在责任与情感间不断权衡，试图在纷乱世道中确立自己的道路。十三姨于忧患中展现坚韧，牙擦苏则在懊悔与弥补间徘徊。所有这些个体的抉择与遭遇，共同汇聚成一段在困厄中寻求希望、在黑暗中守望光明的集体叙事。