保川指派苡柔前去探查朱历(TAE 饰)与天心的真实意图。苡柔试图推脱，保川随即以掌握其假怀孕的秘密作为要挟，迫使她就范。此外，保川还暗中吩咐翠环监视苡柔的一举一动。苡柔表面应承，内心却已开始筹划如何反击保川。哲三前往探视湘凝，察觉她的转变后，心中愧疚更深。他劝说湘凝离开当前处境，但湘凝态度坚决，予以拒绝。哲三只得告知湘凝自己藏身于小石头的秘密据点，并嘱咐她若改变主意便可前来寻他。太后召见朱历，询问天心状告先帝的具体情由。朱历被迫如实陈述，太后闻言震怒，命令朱历不得追究此事，并尽早处决天心。然而朱历并未遵从。太后见其意志坚定，此次朱历出于公义考量，毅然违抗了太后的指令，这是他首次拒绝太后的要求。朱历一方面下令冷泉对《本草》一书进行勘误修订，另一方面在检视《九针别诀》时，发现其中夹藏着一张被挖去内容的纸卡。
保川因甫嵩放走哲三之事与其决裂，强令甫嵩必须找出哲三下落，否则需自行承担后果。甫嵩气愤之下突发心绞痛，险些丧命。病情稍缓后，甫嵩豁然醒悟。他不仅应允湘凝退出官场，也不再强迫她婚嫁。湘凝以为父亲终于明理，立即前往将这一消息告知哲三。未料甫嵩暗中跟踪湘凝，从而找到了哲三的藏身之处。哲三误以为湘凝出卖自己，湘凝悲愤交加，当即离去。甫嵩以小石头作为人质，胁迫哲三交出《本草品汇精要》。哲三前往字画摊取回临摹的《本草》副本，将真本托付给大娘，嘱其转交朱历。哲三计划以临摹本换回小石头。然而在交换过程中，小石头仍不幸受伤，最终丧命于甫嵩部下的刀下。
整个事件的发展呈现出多方势力的博弈与个人命运的交织。苡柔在胁迫下进行周旋，内心谋划着反抗；哲三与湘凝的关系因误会而遭受考验，同时又卷入《本草品汇精要》的争夺之中。朱历在太后压力下坚持己见，展现出对公正的追求；而甫嵩在经历健康危机后虽有所领悟，其行动却依然造成无法挽回的后果。这些情节的推进，体现了人物在权力、情感与道义之间的复杂抉择，以及各自行动所带来的连锁反应。小石头之死成为这一系列事件中的一个悲剧节点，凸显了冲突的残酷性与个人在宏大叙事中的脆弱性。