李保川离世后，朱历(TAE 饰)从冷泉处获悉，苡柔其实并未怀有身孕。随后，朱历又察觉苡柔企图对天心下毒，于是下令将苡柔囚禁于储秀阁之中。太后的头痛旧疾再次发作，但此次天心尝试多种方法皆未能缓解。天心在研读本草典籍时，发现数种药材若与黑玉香结合，可配制出一种麻醉药剂，能够为太后实施开颅手术提供条件。手术顺利完成之后，太后深感天心恩德，决意册立天心为皇后。苡柔得知这一消息，在储秀阁内情绪失控，陷入癫狂状态。
另一方面，哲三与湘凝最终决定云游四方，广行善举。天心有意跟随哲三他们一同离去，认为自身亦可行医济世，救助百姓。然而天心即将与朱历完婚，哲三和湘凝便委婉拒绝了天心的请求。大娘见到天心已有归宿，便决定与老陶一同前往江南生活。朱历与天心历经波折，终得缔结良缘。但恰在此时，边境传来战事告急的消息。天心内心既难以放下对医术的执着热爱，同时也希望给予朱历空间去实现治国理想，于是她决意离开宫廷，重返民间行医助人。待朱历见到天心所留书信时，天心早已离开京师。
边境战事逐渐平息。大殿之上，文武百官分列两侧，齐声高呼万岁。有大臣出列禀报战事已定，称颂皇上英明。朱历神情威严地立于殿中。而在遥远之地，天心背着竹篓，带着大福，身旁插着一面写有红色“拾”字的旗帜。她心中默念，自己终将归来。随后，她的身影渐渐隐没于暮色之中。从此天涯相隔，有情人两地分离。或许未来某日，月老手中的红线会再度牵引，使天心与朱历重新相逢。