清廷在作出决策的同时，委任沈葆桢担任钦差大臣，前往台湾处置相关军事事务。刘永福(常戎 饰)派遣曾阿富将阵亡的黑旗军将士骨灰送回广西故乡，并护送刘永福的妻儿返回家乡与母亲团聚，使其义子得以归宗认祖。广西巡抚潘鼎新接到指令拘捕刘永福的家属，而广西提督冯子材因对刘永福怀有深厚敬意，设法实施营救，后因此事遭到革职，返回故里闲居。越南国王期望刘永福能够留驻当地，提出的条件是加入越南国籍，刘永福并未接受这一要求。他回忆起冯提督曾致信表达希望其回国效力的意愿，于是决定前往镇南关寻找冯子材，以期联合抗击法军。潘鼎新在镇南关布置陷阱，意图剿灭黑旗军势力，刘永福因不愿见到双方互相残杀而选择撤离。此时，越南国王也同意他保留原有国籍，以客军身份在当地驻扎。沈葆桢经过周密筹划，准备对已经登陆的日军发动有力打击，却突然接到朝廷密令，要求“不可主动开启争端”，只得暂时保持按兵不动的状态。沈葆桢上奏请求批准应战，西太后(潘虹 饰)借此机会教导同治帝处理政务，此事随后转由恭亲王出面与日方进行交涉。台湾地区的战事影响到其他列强的贸易活动，他们向清廷提出抗议，朝廷方面对此感到措手不及。1874年10月31日，犹豫不定的清廷拒绝了沈葆桢的出战请求，与日本签订了《中日北京专条》。此后不久，同治帝去世，光绪帝继承皇位。光绪五年，日本依据北京专条的相关条款，正式将琉球国吞并，并将其改设为冲绳县。