凭借燕子精神与顽强意志，李三成功渡过危机，为后续救援争取到宝贵的生理缓冲期。东方玉(王力可 饰)与马小宛寻获解药，将李三从危难中解救出来。李三随即决定顺势而为，命令小七等人在城内大量采办花圈冥纸，为燕子侠之死营造声势。果然，燕子李三身亡的消息传至日本商会，菊村指令山木借机铲除燕子门，务求彻底根除。渡边对山木可能越权行事心存疑虑，派遣陈宇暗中跟随。
陈宇察觉到某些异常迹象，便以让山木先行出击为借口，未料燕子门内早已预设炮火，将山木一行人轰击得粉碎，陈宇及其部下趁混乱之际逃脱。李三利用山木等人进攻燕子门所形成的时间间隙，成功营救出关押于大牢中的方俊生(杜奕衡 饰)，并从方俊生口中获悉菊村前来济南城的真实意图。李三与东方玉不约而同联想到李云飞遗留的宝藏，李三遂决意再次探寻师父留下的藏宝之地。
事情发展正如李三等人所预料，菊村前来中国的目的确系李云飞的宝藏。菊村在警察署的井内发现了宝藏的秘密，正得意忘形之际，被重获新生的燕子侠李三终结性命。李三将菊村的遗体放置于日本商会牢狱之外，以混淆外界视听。菊村之死令渡边与陈宇深感震惊。由于唯一知晓宝藏秘密的菊村已死，李三等人开始筹划运输宝藏的相关事宜。
陈宇依据对菊村尸体的分析推断，来到警察署，在井口处发现菊村留下的血迹，这证实了他的推理。随后，陈宇与王峰一同进入井下，发现了宝藏的真正所在。为规避来自东京方面的压力，渡边意图让陈宇承担此事罪责。陈宇原本企图利用宝藏谋取私利，却遭到渡边迫害。王峰被迫将宝藏的秘密告知渡边，自身亦未能幸免于难。
为保障宝物能够顺利运出城外，李三事先将部分宝物分发给普通民众，随后亲自充当诱饵吸引日军注意力。为擒获李三，渡边派出由菊村调遣的狙击手小队，不料狙击手未能击毙李三，反被李三逐一制服。渡边利用李三与狙击手周旋的时间差，迅速集结火力，经过一阵炮火轰击，最终将李三击倒并捕获。
渡边抓获李三后，对其施以严酷刑罚，并决定将燕子李三悬挂于城门之上公开示众。在城门前，渡边将李三的生死交由全城百姓抉择：若百姓同意处死李三，则可保全性命；反之，若要李三存活，百姓则须付出生命代价。令渡边未曾料到的是，百姓宁愿牺牲自己也要保全他们心目中的燕子侠。此时，渡边钟爱的养女美子竟在城墙之上用中文高呼打倒日本鬼子。一旁的日本士兵当即射杀美子，渡边因受刺激而分神，李三趁机挣脱束缚并将其杀死。
方俊生率领部队及时赶到，与东方玉指挥下的燕子门合力奋勇抗击日本侵略者。这场持续三天三夜的激战结束后，再无人目睹燕子侠的踪迹，亦无人知晓其下落。然而燕子门的弟子日益增多，他们惩处邪恶、弘扬正义，抵抗外敌，活跃于山东全境。