在另一处居所内，徐妙云(颖儿 饰)与朱棣(冯绍峰 饰)同样怀着焦灼的心情等候孙辈降生的消息。朱高炽之妻平安诞下一名男婴，朱棣满怀喜悦地将婴儿抱入怀中。朱高炽当即恳请父亲赐予名讳，朱棣忆起朱元璋(陈宝国 饰)此前所赐字辈，其子孙名讳已预先排定至二十代之后，遂为此婴取名朱瞻基，成为“瞻”字辈中首位诞育的孩童。彼时朱元璋身体状况欠佳，且不愿服用汤药，朱允炆(陈奕丞 饰)便陪伴在侧，悉心劝促祖父用药。得知喜获曾孙，朱元璋心中欢愉，表示期望数年之后能召朱瞻基返回京师游玩。回想起早年膝下诸子皆呈现兄友弟恭之景象，朱元璋深感欣慰，并祈愿后代子孙亦能维系如此和睦之情谊。
朱元璋不禁慨叹，其两位皇子皆先于自己离世，思及此处，内心难免涌起悲凉之感。侍立一旁的朱允炆亦不知当以何言宽慰。为增进下一代之间的情谊，朱元璋提出可让朱瞻基与朱允炆之子共同进学读书。朱允炆随即举荐方孝孺担任皇子们的师傅，他认为方孝孺品行与才学俱佳，且籍贯海宁，属南方人士。因去年民间曾有议论，认为朝廷政策存在重北轻南之倾向，为平衡各方观感，朱允炆觉得择选一位南方学者教导皇室子弟，颇为适宜。
察觉到朱元璋对朱棣的思念，朱允炆特意提议召朱棣返京居住一段时日。然而朱元璋并未应允，反而表示不愿见到朱棣的面容。尽管如此，其神情之间仍清晰流露出对朱棣的深切挂念。朱允炆表面维持着温良恭俭的姿态，待朱元璋离去后，其面色却显露出不豫之色，对于新诞生的朱瞻基，亦心生芥蒂。与此同时，姚广孝获悉朱元璋病势沉重的消息，意欲返回探视，然无诏不得入宫。他研判朱允炆任命方孝孺为皇子师之举，实为推行新政之信号。倘若朱棣此时前往南京，恐将陷入无法北归之险境。
此刻，晋王府派遣朱济禧前来，邀约朱棣前往相见。徐妙云提醒朱棣，宗室藩王依制不得私下会面。朱棣则回应道，晋王既无所畏惧，他亦不必忌惮。徐妙云进一步点明，此次朱棣所会乃是自家兄长，而非单纯的大明亲王。朱棣闻言，当即领悟其中深意。城门之处早有眼线监视朱棣动向，其甫一出城，便有人策马疾驰，将消息传递至齐泰处。
晋王病情已十分危重，朱棣匆忙赶至，未料兄长竟病体至此。晋王将谭渊引至朱棣面前，并告知朱棣，自己已将二十余名出身锦衣卫之人带至此处，这些人均可为朱棣效力。晋王亦知晓朱棣身边遍布耳目，其行事恐难逃对方掌握。而这二十余人皆已在兵部登记为阵亡，未来或可发挥关键作用。晋王坦言，未来大明江山之稳固，仍需倚仗朱棣，而自己亦如两位先逝的兄长，即将不久于人世。晋王随后将徐妙云前些年寄来的书信交予朱棣，信中徐妙云早已未雨绸缪，进行诸多安排，唯恐牵连朱棣，故通篇未提朱棣之名。晋王对此深感叹服，称许朱棣娶得一位贤内助。晋王追悔往日屡与朱棣相争，如今临终之际，亦望能为朱棣略尽心力，同时将朱济禧等数名子嗣一并托付于朱棣。朱棣颔首应承，送别了晋王。
齐泰匆忙将燕王与晋王会面之事禀报朱允炆，此事自然亦迅速呈递至朱元璋面前。朱元璋询问朱允炆当如何处置二人，齐泰当即建议下旨申饬二王，以警示后人。他特意提及晋王病重，或可暂缓申饬，但对燕王必须严加惩处。黄子澄从旁附和，与齐泰一唱一和，言下之意，不诛杀朱棣已属仁慈，至少应削其爵位，押解回京。朱元璋遂命人草拟处置诏书，正当欲加盖玉玺之时，晋王世子前来报丧，称已抵达城门口。朱元璋闻讯大惊，急忙起身外出，并命令内侍将方才拟就的诏书焚毁。朱元璋痛心诸子皆未活过四十之龄，悲叹若有臣子怀不轨之心，即便自己不予追究，上天亦会收之。语毕，朱元璋晕厥倒地。
朱元璋苏醒后，敕令齐泰传旨，宣称自己需静心养病，由朱允炆暂时代理国政。海别获悉情形后，心知此乃齐泰计策过于狠辣所致，以致朱元璋遭受重大打击。朱允炆旋即对京城兵马防务进行调整部署：皇宫内卫由齐泰与黄子澄掌管，京师戍卫则交由李景隆与徐允恭负责。朱元璋于弥留之际交代身后之事，要求丧葬一切从简，天下臣民服丧三日即可，不必禁止民间嫁娶事宜，并下令释放海别，准其返回漠北。
这一系列事件在皇室内部引发了持续涟漪。朱棣返回居所后，与徐妙云详细商议了晋王托付之事宜，并对那二十余名身份特殊的人员进行了谨慎安置。徐妙云提醒朱棣，今后行事需倍加警惕，因各方视线已愈发聚焦于燕王府。朱棣虽表面应承，内心却对朝廷动向加深了戒备。与此同时，朱允炆在代理国政期间，进一步倚重齐泰、黄子澄等人，诸多新政举措开始酝酿。方孝孺正式出任皇子师，其教学不仅注重经史子集，亦潜移默化地传递着朱允炆所推崇的治国理念。南京城内，关于藩王权势的议论悄然滋生，一些官员开始上书，委婉建议朝廷应逐步收拢藩王权柄，以固中央集权。
北方，朱棣在悲痛之余，亦着手强化自身势力。他借整顿边防、演练兵马之名，悄然扩充直属卫队的规模，并对辖地内政务进行了一系列调整，提拔了一批务实干练的官员。姚广孝则更为频繁地出入燕王府，与朱棣深入分析朝局变化，研判未来可能出现的种种情势。晋王病逝的消息传开后，其余藩王亦不免物伤其类，私下往来与信件中，弥漫着一种不安与自危的情绪。朱元璋的健康状况成为悬于整个帝国之上的阴云，各方势力都在密切关注着皇宫内的任何细微动静，并据此调整着自己的策略与步调。历史的轨迹，在看似平静的表面下，正悄然向着未知的方向延伸。
朱元璋多次向朱允炆嘱咐，切莫对其诸位叔父加以刁难。彼时的朱元璋仅盼望在生命尽头能与儿子相见，然而这一愿望终究未能达成。最终朱元璋阖然长逝，一行清泪自其眼角缓缓淌下。
公元1398年，朱允炆继承帝位，后世称之为建文帝。当朱棣意图返回京城参与丧仪时，朱允炆派遣徐允恭进行阻拦，勒令朱棣返回封地。其所依据的是先帝遗诏，其中规定国丧期间亲王须留守各自封国。但朱棣对此并不采信，他认为朱氏皇族历来并无此类先例。同时，朱棣亦认为朱允炆在朱元璋逝世后仅七日便将其安葬，此举于礼制不合。